东京大学医学部附属病院发祥于江户时代末期在现在的东京开设的首家种痘所(牛痘接种所)，150多年来一直引领着日本医学和医疗事业的发展。东京大学医学部附属病院秉承“致力于临床医学的发展和医疗人才的培养，为每位患者提供良好医疗”的办院理念，以下列为宗旨开展日常工作：(1)实践尊重患者意愿的医疗;(2)提供安全的医疗;(3)开发高度先进医疗;(4)培养优秀医疗人才。东京大学医学部附属病院是集医疗、教学、科研于一体的日本屈指可数的大型综合性病院。

东京大学附属病院的临床医学研究和尖端医疗技术开发受到日本国内各界的广泛关注。“22世纪医疗中心”承担着东京大学医学部和医学系研究科的转化研究重任，开发新诊断方法和治疗方法，验证和推广普及治疗方法，开展预防医学、医疗政策、医疗器械和设备的研究，并实际应用于临床和医疗服务中。截至2013年度，正在开展12个先进医疗的项目。东京大学医学部附属病院计划于2018年度建成具备先进研究功能的东大病院临床研究中心，作为世界顶级的临床医学研究基地继续开展科研活动。

东京大学医学部附属病院由诊疗部门(6个部门37个诊疗科室)、中央设施部门(38个部门)、临床研究部门(7个部门)构成。

内科诊疗部门(11个诊疗科室)

循环内科

诊治心绞痛、心肌梗塞、心脏瓣膜病、心肌病、心律不齐等心脏疾病、主动脉和周围血管疾病、高血压。

呼吸内科

诊治支气管、肺和胸膜肿瘤、呼吸道感染、过敏反应、炎症性肺部疾病、肺血管病变、呼吸异常、呼吸衰竭等疾病。

消化内科

诊治食管、胃、肠等消化道疾病和肝胆胰等实质器官的疾病。

肾脏内分泌内科

诊治急性肾功能障碍、慢性肾病、肾衰竭、各种肾炎、肾病综合征等肾脏疾病;丘脑下部、垂体、甲状腺、甲状旁腺、肾上腺、性腺等内分泌器官机能异常引起的各种激素过剩或不足;甲状腺癌等肿瘤，以及与肾脏和内分泌均密切相关的高血压。

糖尿病代谢内科

预防和治疗近年随着生活习惯的改变发病率明显升高的糖尿病、血脂异常、肥胖、代谢综合征等疾病。

血液肿瘤内科

诊治包括贫血、血小板减少症等造血障碍以及白血病、恶性淋巴瘤等肿瘤性疾病在内的所有血液疾病。

过敏与风湿内科

主要诊治包括类风湿性关节炎、胶原病在内的风湿性疾病，以及支气管哮喘等过敏性疾病。

传染病内科

诊治由病毒、细菌等所有的病原微生物引起的传染病。拥有多名艾滋病、病毒性肝炎、细菌真菌感染的专家。

神经内科

诊治脑、脊髓、周围神经、肌肉各类疾病。尤其专治脑血管疾病、神经退行性疾病、神经免疫性疾病、感染性疾病、头痛等疾病。

老年内科

以对多器官疾病引起的老人的病况进行综合评估和治疗为目的，内科各科专家会诊，进行综合性团队诊疗。

身心医学科

主要诊治心身病，从身体、精神和社会各方面进行综合性诊疗。

外科诊疗部门(12个诊疗科室)

胃与食管外科

诊断和外科治疗胃癌、食管癌等恶性肿瘤，食管裂孔疝、贲门失弛缓症等良性疾病。作为先进医疗，开展外科治疗高度肥胖症。

结肠与肛门外科

专门针对结肠癌、炎症性肠病等下消化道疾病进行外科多学科综合治疗。

肝胆胰外科

以外科治疗肝胆胰领域的恶性肿瘤为主，外科治疗包括食管静脉瘤、胆结石、胰胆管合流异常综合征等良性疾病在内的各种肝胆胰疾病。

血管外科

诊治除心脏疾病以外的颈部、胸部、腹部、上下肢动脉静脉淋巴管方面的各种疾病。

乳腺及内分泌外科

诊治乳腺癌、乳腺叶状肿瘤、乳腺纤维腺瘤、甲状腺癌、巴塞多氏病、甲状腺肿瘤、甲状旁腺功能亢进症、肾上腺肿瘤等。

人造器官及移植外科

对终末期肝病行活体肝移植、脑死肝移植治疗。肝移植治疗需要严格周密的管理，由各诊疗科室结成的团队协作医疗是本科的特色。

心外科

心、胸部大血管手术(缺血性心脏病、心脏瓣膜病、重度心力衰竭、主动脉疾病、先天性心脏病等)年约400例。积极开展不使用人工心肺机的非体外循环下冠状动脉搭桥术等微创手术。

呼吸外科

手术治疗肺、胸膜、纵隔、胸壁等胸部疾病，胸腺切除治疗重症肌无力，功能手术改善治疗肺气肿、漏斗胸、多汗症。

脑神经外科

专治脑、脊髓肿瘤、动脉瘤和血管畸形等血管障碍、癫痫、帕金森病、疼痛等机能性疾病。

麻醉科与疼痛缓解中心

对在中央手术部接受手术的患者进行围手术期管理，以及在麻醉科和疼痛缓解中心门诊和病房对疼痛进行评估和治疗。

泌尿科与男科

诊治肾上腺、肾、输尿管、膀胱、前列腺、睾丸、尿道、阴茎等泌尿道和生殖器疾病。

妇外科

诊治子宫卵巢等女性生殖系统的良性肿瘤和恶性肿瘤(包括手术疗法和非手术疗法)。手术治疗不孕不育、生殖器畸形、生殖器脱垂等机能障碍和形态异常。

感觉运动系统科诊疗部门(7个诊疗科室)

皮肤科与皮肤光子激光科

诊治各种造成皮肤异常的疾病。积极开展激光治疗母斑、血管瘤。

眼科与视力矫正科

专治白内障、青光眼、视网膜、玻璃体疾病、角膜疾病、葡萄膜炎、神经眼科、斜视、泪道、眼肿瘤等各种眼部疾病。

整形外科与脊柱外科

诊治运动系统疾病和外伤。东大整形外科是日本早开设的整形外科，在临床和科研上引领日本整形外科的发展。

耳鼻咽喉科和听觉与嗓音外科

内外科治疗各种年龄层的耳、鼻、喉和颈部疾病。

康复科

为有各种功能障碍或因障碍影响日常生活的患者进行功能训练、日常生活指导，帮助减轻障碍，恢复正常生活等进行综合性诊疗。

成形外科与美容外科

除传统的手、面部先天异常和烫伤烧伤等的修复和美容外科外，成形美容重建外科还开展对身体缺失部分进行还原、恢复活动和知觉等美容性治疗。

口腔颌面外科、牙科与畸齿矫正科

诊治颌面部变形、颌面部外伤、口腔肿瘤等牙齿、颌骨的先天性和后天性异常，以及重度的全身性疾病。

小儿科、产科与妇科诊疗部门(3个诊疗科室)

小儿科

内科治疗儿童身体和精神各方面疾病。

小儿外科

诊治需要手术治疗的先天性疾病、炎症、肿瘤等各种外科疾病。与产科、小儿科和其他外科各科室协作开展综合诊疗。

产科与妇科

承担生殖医学学科的临床工作，诊治从青春期、妊娠生产一直到绝经后女性一生。

精神神经科诊疗部门

精神神经科

诊治大脑机能紊乱导致的精神疾病、精神压力等心理因素产生的心理问题。同时也积极诊治身体合并症、器质性精神病。

放射科诊疗部门

放射科

由放射诊断部门(CT/MRI/血液造影)、核医学部门(放射性同位素闪烁成像/PET)及放射治疗部门(直线加速器/伽玛刀)构成。

中央设施部门和临床研究部门

看护部、药剂部、检查部、放射部、康复部、手术部、输血部、病理部、急救部/救命急救中心、重症监护部、医疗设备管理部、材料管理部、感染控制部、角膜移植部、器官移植医疗部、人体组织库、无菌治疗部、光学医疗诊疗部、血液净化疗法部、和缓医疗诊疗部、综合围产期母子医疗中心、小儿医疗中心、心理发育诊疗部、门诊化疗部、肿瘤咨询支援中心、临床研究支援中心、早期探索开发推进室、检诊部、基因医学中心、地域医疗协作部、灾害医疗管理部、国际诊疗部、环境安全管理室、企划信息运营部、公共关系中心、病情营养治疗部、组织工程部、医工协作部、大学病院医疗信息网研究中心、转化研究中心、国立大学病院数据库中心、事务部、病历管理部、22世纪医疗中心

诊疗运营组织、运营支援组织

癌症治疗研讨会、血管医疗会、地域协作型高度医疗人才培养推进中心、综合研修中心、接待技能培训中心、医疗安全对策中心、感染对策中心、患者咨询和临床伦理中心、企划经营部